Los valores que se promueven desde la UABJO son de tipo científico, ético y profesional, los cuales buscan dar sentido al actuar y quehacer de estudiantes, profesionales egresados y todo el personal universitario.
1. Respeto: Reconocer y aceptar los derechos y valor propio de estudiantes, personal docente y personal administrativo, así como la existencia de la diversidad.
2. Responsabilidad: Capacidad de actuar y cumplir correctamente con los deberes universitarios según el rol que corresponda, para la construcción de una sociedad más próspera, democrática y justa, en cumplimiento de las funciones sustantivas de docencia, investigación, difusión y extensión del conocimiento.
3. Honestidad: Realizar las actividades académicas y administrativas con rectitud, integridad y transparencia.
4. Autonomía: Posibilidad para el desarrollo de la libertad científica en el ámbito académico y para regirse por autoridades propias.
5. Racionalidad: Facultad humana de la razón en su proceso de búsqueda o acercamiento a la verdad.
6. Justicia: Crear una visión de igualdad en las relaciones sociales, donde todas las personas que integran la sociedad puedan interactuar entre sí como pares como forma de producir y vivir encomún.
7. Libertad: Elegir, pensar y actuar conforme a las creencias y valores propios; sin que esto afecte al otro.
8. Legalidad: Respetar y sujetarse a lo establecido por la Legislación Universitaria la cual tiene como eje rector la Constitución de los Estados Unidos Mexicanos y los Derechos Humanos.
9. Democracia: Participar en la toma de decisiones a través del diálogo, con transparencia y libertad en el marco de la legislación universitaria.
10. Diálogo: Conversar para permitir a la comunidad universitaria la búsqueda de consensos en beneficio del crecimiento y desarrollo de la universidad.
11. Valoración de todas las culturas y la diversidad: Reconocer la variedad de las culturas, tomando en cuenta que ninguna es superior a otra, promoviendo así la equidad social entre los distintos grupos poblacionales.
12. Cooperación: Trabajar de manera conjunta para un mismo fin o bien común.
13. Tequio: Colaborar entre todos y todas en las actividades que se realizan para un bien común.
14. Empatía: Reconocer y entender el sentir de la comunidad universitaria, en el ámbito escolar, docente y administrativo, propiciando un buen ambiente para el desarrollo de las capacidades y habilidades.
15. Resiliencia académica: Proceso para hacer frente a la adversidad provocada por el COVID-19 en el aprendizaje y los resultados de investigación frente a las situaciones de estrés.